Храм был приписным к Спасскому монастырю, чьи владения располагались рядом: сельцо Меленки и Доилова слобода, чуть подальше на запад деревня Творогово. Через ручей напротив возникает Толчковская слобода кожевников, росту и развитию которой способствовало расположение Ярославля на перекрестке торговых путей.

История закоторосльных храмов в районе Ярославской Большой Мануфактуры, выбор посвящения их престолов в значительной степени отражает борьбу христианства с язычеством и утверждение на этой земле христианских духовных и нравственных ценностей. Церковь Иоанна Предтечи расположена на территории вокруг Купального (ныне Кавардаковского) ручья. В языческие р. Которосль времена служила местом купальных обрядов, празднеств и игрищ. В процессе распространения христианства древний языческий праздник летнего солнцеворота,сливаясь с образом святого Иоанна Предтечи Крестителя

По легенде, в 1010 г. князь Ярослав Мудрый с дружиной, зарубив боевым топором медведя, захватил поселение под названием Медвежий угол. Его жители - потомки угро-финских племен, смешавшихся с пришлым славянским населением, - занимались рыболовством и охотой. Там, на высоком берегу реки Волги, князь основал крепость, назвав ее в свою честь Ярославлем. Местоположение поселения было очень выигрышным в военном отношении: он контролировал устье реки Которосли, соединявшей с Волгой один из крупнейших городов того времени - Ростов Великий. Легенда о поединке Ярослава с медведицей нашла позднее художественно-историческое воплощение. При Петре I получила распространение печать с изображением медведя, а с образованием в 1777 году Ярославского наместничества медведь "перешел" в герб города. Гербом нового города стал медведь с секирой в лапах.